SET AUTOCOMMIT=1 was not completely performing a COMMIT
  
at least some status variables (session->server_status) weren't being reset correctly, leaving the next statement to incorrectly get a inTransaction()==true

Also update documentation about SET AUTOCOMMIT behaviour (i.e. it commits active txn... which is relatively hinted at in the MySQL manual as the correct behaviour). Of course any mention of what happens when a commit fails is omitted. My guess is there are bugs.